1997年以來陸續爆發之H5N1禽流感疫情，已經對全世界造成健康的威脅。由於我國從未有效投入流感疫苗相關研究，國內更未具備生產流感疫苗之產製技術，對於未來可能發生之新型流感疫情，預期將對我國國民健康造成極大的威脅，而疫情一旦爆發且抗病毒藥物無法有效控制時，其所影響的範圍勢必廣及政治、經濟與國防等各層面。有鑑於此，配合衛生署防疫政策之推動，國家衛生研究院疫苗研發中心（以下簡稱本中心）自民國94年8月承接執行疾病管制局規劃推動之「流感疫苗研究發展計畫」中有關疫苗研發製造之任務，開始進行H5N1流感疫苗產製技術之開發。在2006年底已完成實驗室H5N1疫苗製備及動物實驗有效誘發保護抗體。
在13個月的時間裡，本中心投入了超過25位人力，成功建立緊急應變製造所需之軟硬體設施：包含於研究大樓建立一符合生物安全之細胞培養H5N1流感疫苗緊急製造區（具備10萬劑年產能）及必要之儀器設備；超過10名受過生物安全及cGMP訓練之專業人力投入疫苗產程之開發與相關研究；完成細胞培養H5N1流感疫苗產製技術之開發，同時與疾病管制局合作共同建立胚胎蛋產製技術；建立疫苗生產用細胞種庫與病毒種庫各350支以上；來自日本國立感染症研究所、國內長庚大學及成功大學之合作與技術移轉，本中心已成功建立產品之品管技術；建立cGMP文件管理系統，完成超過170份包含標準操作程序書、製程記錄及確效等11類各式cGMP生產相關管制文件。而在實際執行成效上，除了例行性穩定量產之外，H5N1流感雛形疫苗目前在小型動物試驗模式中，能誘發產生有效抗體及具有保護之效果，顯示本中心已成功達成政府立下之第一個里程碑。
目前H5N1流感疫苗開發已經併入由疾病管制局與本中心所共同執行之「台灣人用疫苗研發（含量產技術）計畫」，96年度之執行主要目標是於第四季提出人體臨床試驗申請，並於2008年完成臨床一、二期試驗。此外，本中心為提升緊急疫苗生產產能，已投入生物反應器量產技術開發，同時在本中心之生物製劑先導工廠(將於2007年底完成)建置一病毒性疫苗生產線，目標提升至少10倍以上產量(6~8萬劑/每月)，以因應未來防疫需求。另一方面，為與民間分享研發成果，本中心同時積極尋求國內生物科技公司合作，開發流感疫苗商機。